Tượng xà thần tự cắn chính đuôi mình được đặt ở đền thờ Lê Văn Thịnh thể hiện nỗi oan khuất của ông. Hiện vật đã được công nhận là Bảo vật quốc gia.

Sách Đại Việt sử lược ra đời vào thời Trần[11], kể lại vụ án như sau:

"Mùa đông, tháng 11, năm Ất Hợi (1095), nhà vua (Lý Nhân Tông) xem đánh cá ở Diêu Đàm (hay Dâm Đàm, nay là Hồ Tây, Hà Nội). Lúc bấy giờ vua ngự trong một chiếc thuyền nhỏ, thị vệ theo hầu rất ít. Thái sư Lê Văn Thịnh vốn có mưu gian, nhân cơ hội ấy mới dùng ảo thuật làm khói sương nổi thoắt lên bao phủ cả mặt hồ, ban ngày mà tối tăm mù mịt. Một lát, nhà vua nghe tiếng mái chèo sắp đến gần, vua có ý sợ xảy ra tai biến mới lấy cái mác phóng ra. Khói sương theo cái mác mà tan biến đi thì thấy thuyền của Lê Văn Thịnh đã đến gần, với đồ hung khí. Vua sai người bắt giữ Lê Văn Thịnh lại rồi hạ chiếu đem an trí ở miệt Thao Giang. Trước kia, trong nhà Lê Văn Thịnh có tên đầy tớ là người Đại lý (tức Vân Nam, Trung Quốc ngày nay), giỏi làm ảo thuật, Lê Văn Thịnh học được phép của nó. Và, đến đây thì làm phản"[12].

Sau đó, sách Đại Việt sử ký toàn thư ra đời vào thời Hậu Lê kể lại vụ án như sau:

"Mùa xuân, tháng 3, Lê Văn Thịnh mưu làm phản, tha tội chết, an trí ở Thao Giang. Bấy giờ vua [Lý Nhân Tông] ra hồ Dâm Đàm, ngự thuyền nhỏ xem đánh cá. Chợt có mây mù nổi lên, trong đám mù nghe có tiếng thuyền bơi đến, tiếng mái chèo rào rào, vua lấy giáo ném. Chốc lát mây mù tan, thấy trong thuyền có con hổ, mọi người sợ tái mặt, nói: "Việc nguy rồi!". Người đánh cá là Mục Thận[13] quăng lưới trùm lên con hổ, thì ra là Thái sư Lê Văn Thịnh. Vua nghĩ Thịnh là đại thần có công giúp đỡ, không nỡ giết, đày lên trại đầu Thao Giang. Trước đấy Lê Văn Thịnh có gia nô người nước Đại Lý có phép thuật kỳ lạ, cho nên mượn thuật ấy toan làm chuyện thí nghịch[14].

So lại, nội dung vụ án khá giống nhau, tuy nhiên về sau rõ ràng có sự thêm thắt (rất hoang đường) khi cho rằng Lê Văn Thịnh đã "hóa hổ" để mưu sát.Vụ án trên, lâu nay người ta đã bàn nhiều. Có người nói vì ông bị nghi kỵ nên bị hạ bệ[15]; có người nói ông là nạn nhân bởi "sự xung đột ý thức hệ giữa Phật giáo (Quốc giáo, mà người đứng đầu là Thái hậu Ỷ Lan và vua Lý Nhân Tông) và Nho giáo (mà đứng đầu là ông) v.v... Tuy chưa thống nhất được nguyên nhân, nhưng có một điểm chung là Thái sư Lê Văn Thịnh đã bị hàm oan.

Theo lưu truyền dân gian, khi sức lực tàn kiệt, Lê Văn Thịnh được ân xá, lần tìm về quê hương. Nhưng khi đến làng Điềng (xã Đình Tổ, huyện Thuận Thành, tỉnh Bắc Ninh) thì yếu dần. Một nông dân thấy cụ già gầy yếu như hành khất liền biếu bát cháo hoa để cụ ăn. Bác nông dân hỏi: “Cụ có thèm ăn thứ gì nữa không ?”, ông trả lời muốn ăn một khúc cá. Bác nông dân lựa được con cá mè hoa đem nướng một khúc biếu cụ. Lê Văn Thịnh ăn cá xong nằm nghỉ và mất tại đó. Dân làng Điềng khi biết đó là Trạng nguyên Lê Văn Thịnh liền đưa cụ ra một gò nổi bên bờ sông Dâu. Xác cụ được mối đùn kín, dân làng thấy lạ liền chôn cất và lập đình thờ, tôn cụ làm Thành hoàng làng.

Tại quê hương của Thái sư Lê Văn Thịnh hiện nay có hai khu di tích lập ra để thờ ông (ở Thuận Thành và Gia Bình), và khu lăng mộ của ông cũng đã được trùng tu nhiều lần.